De graven van Holland gaven in de elfde en twaalfde eeuw de opdracht om de moeras- en veengrond op het gebied van de huidige gemeente Pijnacker-Nootdorp te ontginnen. Voor die tijd was het gebied nauwelijks bewoond geweest. De veengrond was namelijk ongeschikt voor landbouw of veeteelt. Bovendien werd het gebied regelmatig getroffen door overstromingen, waardoor men het er te gevaarlijk vond. Door de ontginningen verbeterde de watervoorziening in het gebied aanzienlijk. De grond was nu minder drassig en werd zo geschikt voor landbouw. Om toekomstige overstromingen te voorkomen werden er dijken en afwateringskanalen aangelegd, zoals de Maasdijk en de Delftse Schie. De oudste vondsten in de gemeente (de restanten van een boerenhoeve uit ca. 1050) liggen ter hoogte van het latere dorpje Delfgauw. In de dertiende eeuw ontstond Nootdorp.

Door de ontginningen zakte de veengrond echter langzaam in (‘inklinking’). Daardoor verslechterde de watervoorziening in het gebied rond Nootdorp binnen twee eeuwen. In de vijftiende eeuw begon men daarom met het graven van nieuwe kanalen en vaarten, zoals de Pijnackersevaart bij het dorpje Pijnacker, waarvan het bestaan al terugreikt tot in de dertiende eeuw.

De bewoners van Pijnacker en Nootdorp begonnen in de zestiende eeuw massaal met het afgraven van de veengrond, dat men liet drogen tot de brandstof turf. Toen de bovengrondse turfvoorraad was uitgeput, ging men over op het winnen van turf onder de waterspiegel (uitbaggeren). Daardoor ontstonden enorme plassen, die men in de achttiende en negentiende eeuw heeft drooggemalen. Hierdoor ontstonden de Tweemolentjesvaart en de Bieslandse Molensloot.

In de twintigste eeuw, met de komst van de tuinbouw uit het Westland, ontwikkelden Pijnacker, Nootdorp en Delfgauw zich tot belangrijke glastuinbouwcentra. Dit kwam met name door de gunstige ligging van deze drie dorpen tussen Den Haag en Rotterdam. Doordat het gebied na de Tweede Wereldoorlog bovendien goede verbindingswegen met omringende steden kreeg, begon het te verstedelijken. In 2002 zijn Pijnacker (inclusief Delfgauw) en Nootdorp samengevoegd tot de gemeente Pijnacker-Nootdorp.