Sinds het ontstaan van het museum in 1874 zijn in het gebouw veel interieurelementen vastgeklonken. Dit is de zogenaamde aard- en nagelvaste collectie. Het geheel heeft een hoge historische waarde en deze collectie neemt dan ook een belangrijke plaats in binnen het restauratieproject.
In de 19e-eeuw is een monumentaal trappenhuis aan het interieur toegevoegd. Deze Joristrap komt uit de St. Jorisdoelen, het hoofdkwartier van de Leidse Schutterij. Om de nieuw te creëren Achterplaats een zo open mogelijk karakter te geven, wordt dit trappenhuis inclusief bijbehorende 16e-eeuwse Gravenramen verplaatst.
Aan de achterzijde van het lakenhal-gebouw verrijst de nieuwbouw van Museum De Lakenhal, die een nieuwe gevel krijgt aan het Lammermarktplein. De nieuwbouw voegt een totaal volume van 2.500 vierkante meter toe aan het museum met daarin logistiek, opslag, werkplaatsen, kantoren, museumcafé en museumbibliotheek, naast 450 vierkante meter tentoonstellingsruimte. Het ontwerp van deze nieuwe vleugel is een hedendaagse interpretatie van de baksteenarchitectuur van het bestaande museumcomplex. Vorm en schaal zijn geïnspireerd op de historische bebouwing in de omgeving. Al eeuwen staan hoge en lage gevels in dit gedeelte van de stad gebroederlijk naast elkaar.